Szentpétervár óriási közlekedési csomóponttá vált, hiszen a tengeri, a belvízi hajózás ésvasút is itt találkozik. Az itt található hajókikötő Oroszország legjelentősebb kikötője (áruforgalom 2007-ben: 59,6 millió tonna). A fontos kereskedelmi útvonalak Stockholmot,Helsinkit, Kielt, Lübecket és a Keleti-tenger többi kikötőit érintik. A kikötő további fejlődése azonban akadályozott a folyamatosan fejlődő út- és vasúthálózat miatt.

A Néván és csatornáin keresztül kitűnő az összeköttetés a Ladoga-tóhoz, a Volgához és aFehér-tengerhez. A nyílt vizek eléréséhez a nyitható hidakat éjszakánként felemelik.

Mint a többi nagyváros, Szentpétervár is folyamatosan küzd a növekvő forgalommal. Az első orosz vonat Szentpétárvárról Carszkoje Szelóba ment, és összekötötte vele a fővárost. Az első világháború előtt a Nord-Expressz közvetlenül Pétervárról Párizsba tartott. Ma már közvetlen járatok mennekMurmanszkba, Helsinkibe (a Ladoga-pályaudvarról), Kirovba, Moszkvába (a Moszkvai pályaudvarról), Kalinyingrádba, Minszkbe,Berlinbe, Budapestre és Zágrábba (a Vityebszkij pályaudvarról).

Szentpétervár 12 autópályával rendelkezik: 2006. szeptember 7-én adták át a körgyűrű egy újabb szakaszát a forgalomnak. A megépített autópálya az eddig városon átmenő, Finnországból érkező tranzitforgalmat kb. 50 ezer autó/nap aránnyal enyhítette, miközben az utazási idő is harmadára csökkent. Az új autópálya egyik legjellemzőbb ismertetőjegye a függőhíd, ami elég magas: így az egyedüli Néva-híd Szentpéterváron, amit a hajóforgalom miatt esténként nem kell felnyitni. A tervezett nyolcsávos autópálya csak 25 kilométeren épült fel, ezen a szakaszon kívül az autópálya 4 sávos. 2010-re a körgyűrűnek Pétervár nyugati oldalán is el kell készülnie. Az akkor 115 kilométerre bővülő hálózat az 1979 óta tartó építkezések után végre elkészül. A körgyűrűt Szentpétervár „KAD”-nak nevezi. Ennek kiegészítéseképen tervezi az észak-déli „SSD”-autópályát: ez kötné össze a pétervári kikötőt és körgyűrűt.

12 kilométerre délre a belvárostól fekszik a Pulkovo repülőtér két termináljával: az egyikről a belföldi gépek, a másikról a külföldi gépek indulnak. Innen indítja járatait a Rosszija légitársaság, amely az egykori Pulkovo Airline-ból fejlődött ki. Számos külföldi légivállalalat startol innen, például a németek: Air Berlin, Germanwings és Lufthansa. Közvetlen járatok működnek Pétervár ésBerlin, Frankfurt am Main, Köln/Bonn, München, Münster és Bécs között. A Rosszija légitársaság járatai Düsseldorfba,Hamburgba, Hannoverbe és Zürichbe mennek.

A város öt metróvonala közül az elsőt 1955-ben nyitották meg. A külvárosokat is elérő metróhálózatot jól szervezett busz-, trolibusz- és villamosközelekedés egészíti ki. A város 2007-ben 30-35 fős új buszokat vásárolt, hogy tovább javítsa az északi főváros tömegközlekedését. A taxit helyettesítő, bevett gyakorlat a városi stoppolás, ami jó lehetőséget ad az olcsó utazásra és az alkalmi taxisok keresetének kiegészítésére.