Az altaji ter�let meghat�roz� n�v�nyt�rsul�sa a tajga, a katunyi ter�letnek azonban csak mintegy 14%-�ra terjed ki. F� erd�alkot� fafaja a cirbolya- �s a v�r�sfeny�, kisebb m�rt�kben a szib�riai jegenyefeny�. A cirbolyafeny� a Tyeleckoje-t� medenc�j�ben m�g ma is �sszef�gg� erd�s�geket alkot, ahol t�bb sz�z �ves p�ld�nyok is l�that�k. A t� partvid�k�n gyakran jegenyefeny�vel egy�tt is el�fordul, de legink�bb a vegyes cirbolya- �s v�r�sfeny�-erd�k a jellemz�k. A t�level� fajok k�z� sok helyen, n�ha m�g a tajga m�ly�n is n�h�ny lombos faj, f�k�nt ny�r �s rezg� ny�rfa keveredik. A lucfeny� r�szben a Csulisman-magasf�ld�n, de jellemz�en ink�bb a Katunyi-hegys�g v�lgyeinek lejt�in terjedt el, ahol v�r�sfeny�vel, ny�rrel �s ny�rf�val egy�tt erd�alkot�. A Katuny �s mell�kfoly�inak �rterein t�bbf�le fajb�l �ll� f�zesek n�nek.

Nagyobb magass�gokban az erd� ritkulni kezd; el�bb csak foltokban, majd teljes eg�sz�ben ny�lt f�ves t�rs�geknek, – r�tnek, sztyeppnek, – m�g magasabban hegyi tundr�nak adja �t hely�t. Az alpesi jelleg� r�teken �s a foly�v�lgyekben sok a dekorat�v vir�gzat� n�v�ny, p�ld�ul t�bb orchideaf�le (Liparis loeselii, Orchis militaris,Epipogium aphyllum), melyeket felvettek Oroszorsz�g V�r�s K�nyv�be. A sztyepp a k�t term�szetv�delmi ter�let viszonylag kisebb r�sz�t foglalja el, de n�v�nyvil�g�t igen nagy fajgazdags�g jellemzi: a legk�l�nb�z�bb p�zsitf�- �s s�sf�l�k, vadhagym�k, stb. D�li t�jakon, a Dzsulu-kul medenc�j�ben a gyepek helyett ink�bb a sz�razs�got �s a nagy h�m�rs�klet-ingadoz�st j�l t�r� t�rpecserj�k, p�ld�ul t�rpeny�rek maradnak csak meg (tundrasztyepp).

A fokozottan v�dett n�v�nyek k�z�l a katunyi ter�leten honos t�z faj szerepel az orsz�g V�r�s K�nyv�ben, k�zt�k az altaji hagyma (Allium altaicum), az alpesi csajkavir�g (Oxytropis alpestris), a hegyi �rval�nyhaj (Stipa pennata), egy sisakvir�gf�le (Aconitum) �s egy keser�f�f�le (Rheum altaicum).

A katunyi term�szetv�delmi ter�leten �sszesen mintegy 700 ed�nyes n�v�nyfajt tartanak nyilv�n, az altaji ter�leten k�tszer ennyit, ut�bbib�l 120 j�gkorszakireliktum (maradv�ny).