A világörökségi részen mintegy 60 gleccser található. Az északi hegyoldalakon, részben gleccserekből erednek a térség legbővízűbb folyói. Az Azovi-tengerbe ömlő Kubány vízrendszeréhez tartozik többek között:

• a Belaja, mely a Fist-hegy gleccseréből ered, Adigeföldön folyik és a Kubányba ömlik
• a Belajába torkolló Kurdzsipsz és Pseha
• az utóbbi mellékfolyója a Cicá, forrásvidékének nevezetessége az Abadzes-kanyon, ahol egy 10 km-es szakaszon a folyó esése 1000 m
• a Malaja (Kis-) Laba, mely a Bolsaja (Nagy-) Labával egyesülve alkotja a Kubány egyik legnagyobb mellékfolyóját.

A déli lejtőkön eredő vízfolyások jóval rövidebbek és közvetlenül a Fekete-tengerbe szállítják vizüket. Jelentősebbek:

• a Sahe, a Mzimta és a Szocsi-folyó. A Mzimta-folyón, Krasznaja Poljana településnél (a védett terület határán kívül) 1950 óta vízerőmű üzemel, mely Szocsit látja el elektromos árammal. A folyón újabb vízerőmű építését tervezik.

A folyók erdős, szakadékos partok között folynak, helyenként 100 m-es vízeséseket is alkotnak, a Fist-hegy masszívumán 250 m-es vízesések is előfordulnak. A térség vízrendszere ősidők óta változatlan, folyóvizei ivóvíz-tisztaságúak, több településen a vizet közvetlenül a mederből, tisztítás nélkül fogyasztják.

Nyugat-Kaukázusban mintegy 130 jelentősebb magashegyi tó ismeretes. Közülük legszebb fekvésű a Kardivacs, az Inpszi és a Bezmolvija.