A védett területen több mint 1580 edényes növényfaj ismeretes; 1/3 részük endemikus– (bennszülött–), 10%-uk pedig korábbi földtörténeti korokból való, zömmel harmadidőszaki reliktumfaj. A 165 féle fa- és cserje közül kaukázusi endemikus faj például a grúziai tölgy, a kecskerágó egy simakérgű változata vagy a tiszafa. Az itteni enyhe klíma is hozzájárult több harmadidőszaki erdei növényfaj fennmaradásához, amilyen például az örökzöld kolhidai puszpáng (Buxus colchica) és a babérmeggy (Prunus laurocerasus).

Különösen változatos és gazdag a legmagasabb, alpesi régiók növényvilága, ahol több mint 900 növényfajt jegyeztek fel. Ez jóval meghaladja a legtöbb eurázsiai magashegységi régiói fajgazdagságát. 55 szerepel közülük az oroszországi Vörös Könyvben.

Az összterület mintegy 60%-át erdő borítja, melynek fajösszetétele rendkívül gazdag és övezetenként változik. Az alacsonyabban fekvő hegyoldalakon kaukázusi gyertyánnal és a szelídgesztenyefával kevert tölgyesek az uralkodók; máshol abükk (keleti bükk) alkot erdőségeket önmagában vagy jegenyefenyővel keverten. A magasabb térszínek fenyveseinek fő erdőalkotó faja a kaukázusi lucfenyő (Picea orientalis); az erdő felső határán, 2000–2300 m körül erdeifenyő fordul elő. A szupalpin övezet füves térségein gyakoriak az alacsonyra növő nyír- és fűzfafélék, följebb már csak csenevész bokrok és alacsony-füves rétek láthatók.