A Putorana mai gazdag foly�- �s t�rendszer�t az egykori szerkezeti mozg�sok nyom�n l�trej�tt tektonikaireped�sek, majd a j�gkorok gleccserei egy�tt alak�tott�k ki. A fenns�kr�l t�bb ir�nyban kifel� tart� foly�k m�lyen a hegyekbe v�g�d�, meredekfal� v�lgyekben folytatj�k �tjukat. Az itt ered� legnagyobb foly�k:

• Kurejka (888 km) – a Jenyiszej mell�kfoly�ja.
• Kotuj (1409 km) �s Heta (604 km; mell�kfoly�ja, az Ajan forr�s�t�l 785 km) – a Hatanga forr�s�gai.
• Kocse-Csum (a plato d�li perem�n ered, 733 km), Tutoncsana (459 km), Vivi (426 km) – az Als�-Tunguszka mell�kfoly�i.

Mivel nincsenek t�l magas hegycs�csok, sem nagyobb gleccserek, a foly�k tavaszi �rvize viszonylag gyorsan levonul. Kisebb gleccserek csak �szakkeleten, keleten tal�lhat�k, de �sszter�let�k nem jelent�s, alig 2,5 km². Ny�ron a nagyobb es�z�sek hirtelen �rad�sokat ind�tanak el a foly�kon, ezek pl. a Heta �s a Kotuj v�zszintj�t ak�r 8–10 m-re is megemelik.

A Putoran�t – sok v�zes�se miatt – a v�zes�sek haz�j�nak is nevezik. Foly�in kb. 1500 v�zes�s van, a legv�ltozatosabbak a nehezen megk�zel�thet� keleti t�jakon. A legnagyobb, 108 m magas v�zes�s a Kanda-foly�n tal�lhat�.

�ll�vizek

A fenns�k ter�let�nek k�zel 10%-�t tavak foglalj�k el, sz�mukat 25 ezerre becs�lik. Jelent�s r�sz�k j�gv�jta k�rf�lk�ket kit�lt� apr� tengerszem, �n. k�rt�. Tizennyolc olyan t� van, melynek v�zfel�lete meghaladja a 100 km²-t.

A foly�k n�hol keskeny, de hossz� tavakk� sz�lesednek vagy ilyenekb�l erednek. Ezek a megny�lt alak�, t�bb t�z km hossz� fjordos tavak szint�n a Putorana nevezetess�gei. M�lys�g�k t�bb ponton a 100-200 m-t is el�ri. Tektonikai reped�sekben keletkeztek, medenc�j�ket egykori gleccserek v�jt�k, m�ly�tett�k ki, majd a j�g visszah�z�d�sa ut�n v�z t�lt�tte ki. Ilyen az Ajan-t�, d�len a Vivi-t�, vagy a Kurejk�n az Anama- �s a Gyupkun-t�. A legnagyobb fjordos tavak – mint a Nagy Hantaj-t� (80 km, legm�lyebb pontja 420 m), a Lama (82 km, legm�lyebb pontja legal�bb 300 m), a Keta (94 km, legm�lyebb pontja 180 m) – a fenns�k nyugati perem�n j�ttek l�tre, viz�ket a hajdani gleccserek v�gmor�nas�ncai duzzasztott�k fel.

A Bajk�lt �s a Tyeleckoje-t�t lesz�m�tva, itt koncentr�l�dnak Szib�ria leghosszabb, legm�lyebb �ll�vizei �s legnagyobb �desv�zk�szletei.